Получение безопасных для здоровья и качественных самогонов в домашних условиях затрудненяется по ряду причин:
1. Когда брага нагревается для перегонки, происходит термический крекинг тяжёлых органических веществ — белков дрожжей, сахаров, и других веществ. В последствие получается много летучих лёгких органических соединений, в число которых входят и ядовитые. Например: метиловый спирт, сивушные масла. Чтобы полностью удалить из браги тяжёлые вещества, перед перегонкой нужно дорогостоящее и сложное промышленное оборудование.
2. Если перегонять брагу в аппарате с одним путём прохождения продуктов перегонки, следующая перегонка самогон загрязняется осадком вредных веществ от предыдущих порций, даже если процесс контролировать термометром и удалять более легкие и тяжелые, чем спирт, фракции. Предотвратить загрязнение можно лишь при помощи перегонной колонны с несколькими выходами, в случае непрерывной перегонки, каждый для фракций со своей температурой кипения. Или же при помощи ректификационной колонны, сливая в отходы погон с температурой ниже и выше температуры кипения спирта.
3. Хоть температура кипения при заданном давлении строго определена у каждого вещества, его активное испарение происходит и при более низких температурах. Выходит, что даже если температуру браги поддерживать строго равной температуре кипения спирта, всё равно за ним вслед испарится много компонентов более тяжёлых. Предотвратить это можно лишь используя ректификационну колонну.
Нормальное разделение веществ реально не по испарению, а лишь по осаждению. При этом главную роль играет количество эквивалентных тарелочек.